Conducerea operativă a INCAS este asigurată de un comitet de direcţie, compus din directorul general şi conducătorii principalelor compartimente din structura organizatorică a institutului naţional.
Participarea la ședințele comitetului de direcție este asigurată în următoarea componență:- Dr. Cătălin Nae – Director General
- Dr. Liviu Coșereanu – Director Științific
- Ionuț Lom – Director Tehnic
- Claudia Dobre – Director Dezvoltare și Relații Internaționale
- Sorin Pălălău – Director Politici Instituționale
- Fănica Ene – Director Economic
- Ioan Toma – reprezentant al salariatilor.
La şedinţele comitetului de direcţie participă, în calitate de invitat permanent, un reprezentant al salariaţilor, întrucat la nivelul INCAS salariații nu sunt constituiţi în sindicat.